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Create replicate data set suitable for replicate histogram, for one or multiple time points of measurement.

Usage

create_replicate_dataset(
  dat,
  time_t = NULL,
  protein = unique(dat[["Protein"]])[1],
  state = dat[["State"]][1]
)

Arguments

dat

data as imported by the read_hdx function.

time_t

optional, for only one time point of measurement. If value is NULL, all time point from dat are preserved.

protein

chosen protein.

state

biological state for chosen protein.

Value

a data.frame object.

Details

The function create_replicate_dataset creates a dataset with information about how many replicates are for peptides in specific state in time points of measurement.

Examples

create_replicate_dataset(alpha_dat)
#>                         Sequence Exposure Start End  ID n
#> 1                    GFGDLKSPAGL    0.000     1  11   1 1
#> 2                    GFGDLKSPAGL    0.167     1  11   1 3
#> 3                    GFGDLKSPAGL    1.000     1  11   1 3
#> 4                    GFGDLKSPAGL    5.000     1  11   1 3
#> 5                    GFGDLKSPAGL   25.000     1  11   1 3
#> 6                    GFGDLKSPAGL  150.000     1  11   1 3
#> 7                    GFGDLKSPAGL 1440.000     1  11   1 3
#> 8                     FGDLKSPAGL    0.000     2  11   2 1
#> 9                     FGDLKSPAGL    0.167     2  11   2 3
#> 10                    FGDLKSPAGL    1.000     2  11   2 3
#> 11                    FGDLKSPAGL    5.000     2  11   2 3
#> 12                    FGDLKSPAGL   25.000     2  11   2 3
#> 13                    FGDLKSPAGL  150.000     2  11   2 3
#> 14                    FGDLKSPAGL 1440.000     2  11   2 3
#> 15                     GDLKSPAGL    0.000     3  11   3 1
#> 16                     GDLKSPAGL    0.167     3  11   3 3
#> 17                     GDLKSPAGL    1.000     3  11   3 3
#> 18                     GDLKSPAGL    5.000     3  11   3 3
#> 19                     GDLKSPAGL   25.000     3  11   3 3
#> 20                     GDLKSPAGL  150.000     3  11   3 3
#> 21                     GDLKSPAGL 1440.000     3  11   3 3
#> 22                        LKSPAG    0.000     5  10   4 1
#> 23                        LKSPAG    0.167     5  10   4 3
#> 24                        LKSPAG    1.000     5  10   4 3
#> 25                        LKSPAG    5.000     5  10   4 3
#> 26                        LKSPAG   25.000     5  10   4 3
#> 27                        LKSPAG  150.000     5  10   4 3
#> 28                        LKSPAG 1440.000     5  10   4 3
#> 29                       LKSPAGL    0.000     5  11   5 1
#> 30                       LKSPAGL    0.167     5  11   5 3
#> 31                       LKSPAGL    1.000     5  11   5 3
#> 32                       LKSPAGL    5.000     5  11   5 3
#> 33                       LKSPAGL   25.000     5  11   5 3
#> 34                       LKSPAGL  150.000     5  11   5 3
#> 35                       LKSPAGL 1440.000     5  11   5 3
#> 36                        AGLQVL    0.000     9  14   6 1
#> 37                        AGLQVL    0.167     9  14   6 3
#> 38                        AGLQVL    1.000     9  14   6 3
#> 39                        AGLQVL    5.000     9  14   6 3
#> 40                        AGLQVL   25.000     9  14   6 3
#> 41                        AGLQVL  150.000     9  14   6 3
#> 42                        AGLQVL 1440.000     9  14   6 3
#> 43                         QVLND    0.000    12  16   7 1
#> 44                         QVLND    0.167    12  16   7 3
#> 45                         QVLND    1.000    12  16   7 3
#> 46                         QVLND    5.000    12  16   7 3
#> 47                         QVLND   25.000    12  16   7 3
#> 48                         QVLND  150.000    12  16   7 3
#> 49                         QVLND 1440.000    12  16   7 3
#> 50                        QVLNDY    0.000    12  17   8 1
#> 51                        QVLNDY    0.167    12  17   8 3
#> 52                        QVLNDY    1.000    12  17   8 3
#> 53                        QVLNDY    5.000    12  17   8 3
#> 54                        QVLNDY   25.000    12  17   8 3
#> 55                        QVLNDY  150.000    12  17   8 3
#> 56                        QVLNDY 1440.000    12  17   8 3
#> 57                        NDYLAD    0.000    15  20   9 1
#> 58                        NDYLAD    0.167    15  20   9 3
#> 59                        NDYLAD    1.000    15  20   9 3
#> 60                        NDYLAD    5.000    15  20   9 3
#> 61                        NDYLAD   25.000    15  20   9 3
#> 62                        NDYLAD  150.000    15  20   9 3
#> 63                        NDYLAD 1440.000    15  20   9 3
#> 64                       NDYLADK    0.000    15  21  10 1
#> 65                       NDYLADK    0.167    15  21  10 3
#> 66                       NDYLADK    1.000    15  21  10 3
#> 67                       NDYLADK    5.000    15  21  10 3
#> 68                       NDYLADK   25.000    15  21  10 3
#> 69                       NDYLADK  150.000    15  21  10 3
#> 70                       NDYLADK 1440.000    15  21  10 3
#> 71                        YLADKS    0.000    17  22  11 1
#> 72                        YLADKS    0.167    17  22  11 3
#> 73                        YLADKS    1.000    17  22  11 3
#> 74                        YLADKS    5.000    17  22  11 3
#> 75                        YLADKS   25.000    17  22  11 3
#> 76                        YLADKS  150.000    17  22  11 3
#> 77                        YLADKS 1440.000    17  22  11 3
#> 78                       YLADKSY    0.000    17  23  12 1
#> 79                       YLADKSY    0.167    17  23  12 3
#> 80                       YLADKSY    1.000    17  23  12 3
#> 81                       YLADKSY    5.000    17  23  12 3
#> 82                       YLADKSY   25.000    17  23  12 3
#> 83                       YLADKSY  150.000    17  23  12 3
#> 84                       YLADKSY 1440.000    17  23  12 3
#> 85             YLADKSYIEGYVPSQAD    0.000    17  33  13 1
#> 86             YLADKSYIEGYVPSQAD    0.167    17  33  13 3
#> 87             YLADKSYIEGYVPSQAD    1.000    17  33  13 3
#> 88             YLADKSYIEGYVPSQAD    5.000    17  33  13 3
#> 89             YLADKSYIEGYVPSQAD   25.000    17  33  13 3
#> 90             YLADKSYIEGYVPSQAD  150.000    17  33  13 3
#> 91             YLADKSYIEGYVPSQAD 1440.000    17  33  13 3
#> 92               ADKSYIEGYVPSQAD    0.000    19  33  14 1
#> 93               ADKSYIEGYVPSQAD    0.167    19  33  14 3
#> 94               ADKSYIEGYVPSQAD    1.000    19  33  14 3
#> 95               ADKSYIEGYVPSQAD    5.000    19  33  14 3
#> 96               ADKSYIEGYVPSQAD   25.000    19  33  14 3
#> 97               ADKSYIEGYVPSQAD  150.000    19  33  14 3
#> 98               ADKSYIEGYVPSQAD 1440.000    19  33  14 3
#> 99                 KSYIEGYVPSQAD    0.000    21  33  15 1
#> 100                KSYIEGYVPSQAD    0.167    21  33  15 3
#> 101                KSYIEGYVPSQAD    1.000    21  33  15 3
#> 102                KSYIEGYVPSQAD    5.000    21  33  15 3
#> 103                KSYIEGYVPSQAD   25.000    21  33  15 3
#> 104                KSYIEGYVPSQAD  150.000    21  33  15 3
#> 105                KSYIEGYVPSQAD 1440.000    21  33  15 3
#> 106                        SYIEG    0.000    22  26  16 1
#> 107                        SYIEG    0.167    22  26  16 3
#> 108                        SYIEG    1.000    22  26  16 3
#> 109                        SYIEG    5.000    22  26  16 3
#> 110                        SYIEG   25.000    22  26  16 3
#> 111                        SYIEG  150.000    22  26  16 3
#> 112                        SYIEG 1440.000    22  26  16 3
#> 113                 SYIEGYVPSQAD    0.000    22  33  17 1
#> 114                 SYIEGYVPSQAD    0.167    22  33  17 3
#> 115                 SYIEGYVPSQAD    1.000    22  33  17 3
#> 116                 SYIEGYVPSQAD    5.000    22  33  17 3
#> 117                 SYIEGYVPSQAD   25.000    22  33  17 3
#> 118                 SYIEGYVPSQAD  150.000    22  33  17 3
#> 119                 SYIEGYVPSQAD 1440.000    22  33  17 3
#> 120                  YIEGYVPSQAD    0.000    23  33  18 1
#> 121                  YIEGYVPSQAD    0.167    23  33  18 3
#> 122                  YIEGYVPSQAD    1.000    23  33  18 3
#> 123                  YIEGYVPSQAD    5.000    23  33  18 3
#> 124                  YIEGYVPSQAD   25.000    23  33  18 3
#> 125                  YIEGYVPSQAD  150.000    23  33  18 3
#> 126                  YIEGYVPSQAD 1440.000    23  33  18 3
#> 127                       IEGYVP    0.000    24  29  19 1
#> 128                       IEGYVP    0.167    24  29  19 3
#> 129                       IEGYVP    1.000    24  29  19 3
#> 130                       IEGYVP    5.000    24  29  19 3
#> 131                       IEGYVP   25.000    24  29  19 3
#> 132                       IEGYVP  150.000    24  29  19 3
#> 133                       IEGYVP 1440.000    24  29  19 3
#> 134                    IEGYVPSQA    0.000    24  32  20 1
#> 135                    IEGYVPSQA    0.167    24  32  20 3
#> 136                    IEGYVPSQA    1.000    24  32  20 3
#> 137                    IEGYVPSQA    5.000    24  32  20 3
#> 138                    IEGYVPSQA   25.000    24  32  20 3
#> 139                    IEGYVPSQA  150.000    24  32  20 3
#> 140                    IEGYVPSQA 1440.000    24  32  20 3
#> 141                   IEGYVPSQAD    0.000    24  33  21 1
#> 142                   IEGYVPSQAD    0.167    24  33  21 3
#> 143                   IEGYVPSQAD    1.000    24  33  21 3
#> 144                   IEGYVPSQAD    5.000    24  33  21 3
#> 145                   IEGYVPSQAD   25.000    24  33  21 3
#> 146                   IEGYVPSQAD  150.000    24  33  21 3
#> 147                   IEGYVPSQAD 1440.000    24  33  21 3
#> 148                      YVPSQAD    0.000    27  33  22 1
#> 149                      YVPSQAD    0.167    27  33  22 3
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#> 155                        VAVFE    0.000    34  38  23 1
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#> 176               FEAVSSPPPADLCH    0.000    37  50  26 1
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#> 286            ASLPGVKKALGKYGPAD  150.000    66  82  41 3
#> 287            ASLPGVKKALGKYGPAD 1440.000    66  82  41 3
#> 288                  ALGKYGPADVE    0.000    74  84  42 1
#> 289                  ALGKYGPADVE    0.167    74  84  42 3
#> 290                  ALGKYGPADVE    1.000    74  84  42 3
#> 291                  ALGKYGPADVE    5.000    74  84  42 3
#> 292                  ALGKYGPADVE   25.000    74  84  42 3
#> 293                  ALGKYGPADVE  150.000    74  84  42 3
#> 294                  ALGKYGPADVE 1440.000    74  84  42 3
#> 295         VEDTTGSGATDSKDDDDIDL    0.000    83 102  43 1
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#> 323                       LFGSDD    0.000   102 107  47 1
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#> 430                       MAKLEE    1.000   154 159  62 3
#> 431                       MAKLEE    5.000   154 159  62 3
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