Create replicates data
create_replicate_dataset.Rd
Create replicate data set suitable for replicate histogram, for one or multiple time points of measurement.
Usage
create_replicate_dataset(
dat,
time_t = NULL,
protein = unique(dat[["Protein"]])[1],
state = dat[["State"]][1]
)
Arguments
- dat
data as imported by the
read_hdx
function.- time_t
optional, for only one time point of measurement. If value is NULL, all time point from
dat
are preserved.- protein
chosen protein.
- state
biological state for chosen protein.
Value
a data.frame
object.
Details
The function create_replicate_dataset
creates a dataset with information about how many
replicates are for peptides in specific state in
time points of measurement.
Examples
create_replicate_dataset(alpha_dat)
#> Sequence Exposure Start End ID n
#> 1 GFGDLKSPAGL 0.000 1 11 1 1
#> 2 GFGDLKSPAGL 0.167 1 11 1 3
#> 3 GFGDLKSPAGL 1.000 1 11 1 3
#> 4 GFGDLKSPAGL 5.000 1 11 1 3
#> 5 GFGDLKSPAGL 25.000 1 11 1 3
#> 6 GFGDLKSPAGL 150.000 1 11 1 3
#> 7 GFGDLKSPAGL 1440.000 1 11 1 3
#> 8 FGDLKSPAGL 0.000 2 11 2 1
#> 9 FGDLKSPAGL 0.167 2 11 2 3
#> 10 FGDLKSPAGL 1.000 2 11 2 3
#> 11 FGDLKSPAGL 5.000 2 11 2 3
#> 12 FGDLKSPAGL 25.000 2 11 2 3
#> 13 FGDLKSPAGL 150.000 2 11 2 3
#> 14 FGDLKSPAGL 1440.000 2 11 2 3
#> 15 GDLKSPAGL 0.000 3 11 3 1
#> 16 GDLKSPAGL 0.167 3 11 3 3
#> 17 GDLKSPAGL 1.000 3 11 3 3
#> 18 GDLKSPAGL 5.000 3 11 3 3
#> 19 GDLKSPAGL 25.000 3 11 3 3
#> 20 GDLKSPAGL 150.000 3 11 3 3
#> 21 GDLKSPAGL 1440.000 3 11 3 3
#> 22 LKSPAG 0.000 5 10 4 1
#> 23 LKSPAG 0.167 5 10 4 3
#> 24 LKSPAG 1.000 5 10 4 3
#> 25 LKSPAG 5.000 5 10 4 3
#> 26 LKSPAG 25.000 5 10 4 3
#> 27 LKSPAG 150.000 5 10 4 3
#> 28 LKSPAG 1440.000 5 10 4 3
#> 29 LKSPAGL 0.000 5 11 5 1
#> 30 LKSPAGL 0.167 5 11 5 3
#> 31 LKSPAGL 1.000 5 11 5 3
#> 32 LKSPAGL 5.000 5 11 5 3
#> 33 LKSPAGL 25.000 5 11 5 3
#> 34 LKSPAGL 150.000 5 11 5 3
#> 35 LKSPAGL 1440.000 5 11 5 3
#> 36 AGLQVL 0.000 9 14 6 1
#> 37 AGLQVL 0.167 9 14 6 3
#> 38 AGLQVL 1.000 9 14 6 3
#> 39 AGLQVL 5.000 9 14 6 3
#> 40 AGLQVL 25.000 9 14 6 3
#> 41 AGLQVL 150.000 9 14 6 3
#> 42 AGLQVL 1440.000 9 14 6 3
#> 43 QVLND 0.000 12 16 7 1
#> 44 QVLND 0.167 12 16 7 3
#> 45 QVLND 1.000 12 16 7 3
#> 46 QVLND 5.000 12 16 7 3
#> 47 QVLND 25.000 12 16 7 3
#> 48 QVLND 150.000 12 16 7 3
#> 49 QVLND 1440.000 12 16 7 3
#> 50 QVLNDY 0.000 12 17 8 1
#> 51 QVLNDY 0.167 12 17 8 3
#> 52 QVLNDY 1.000 12 17 8 3
#> 53 QVLNDY 5.000 12 17 8 3
#> 54 QVLNDY 25.000 12 17 8 3
#> 55 QVLNDY 150.000 12 17 8 3
#> 56 QVLNDY 1440.000 12 17 8 3
#> 57 NDYLAD 0.000 15 20 9 1
#> 58 NDYLAD 0.167 15 20 9 3
#> 59 NDYLAD 1.000 15 20 9 3
#> 60 NDYLAD 5.000 15 20 9 3
#> 61 NDYLAD 25.000 15 20 9 3
#> 62 NDYLAD 150.000 15 20 9 3
#> 63 NDYLAD 1440.000 15 20 9 3
#> 64 NDYLADK 0.000 15 21 10 1
#> 65 NDYLADK 0.167 15 21 10 3
#> 66 NDYLADK 1.000 15 21 10 3
#> 67 NDYLADK 5.000 15 21 10 3
#> 68 NDYLADK 25.000 15 21 10 3
#> 69 NDYLADK 150.000 15 21 10 3
#> 70 NDYLADK 1440.000 15 21 10 3
#> 71 YLADKS 0.000 17 22 11 1
#> 72 YLADKS 0.167 17 22 11 3
#> 73 YLADKS 1.000 17 22 11 3
#> 74 YLADKS 5.000 17 22 11 3
#> 75 YLADKS 25.000 17 22 11 3
#> 76 YLADKS 150.000 17 22 11 3
#> 77 YLADKS 1440.000 17 22 11 3
#> 78 YLADKSY 0.000 17 23 12 1
#> 79 YLADKSY 0.167 17 23 12 3
#> 80 YLADKSY 1.000 17 23 12 3
#> 81 YLADKSY 5.000 17 23 12 3
#> 82 YLADKSY 25.000 17 23 12 3
#> 83 YLADKSY 150.000 17 23 12 3
#> 84 YLADKSY 1440.000 17 23 12 3
#> 85 YLADKSYIEGYVPSQAD 0.000 17 33 13 1
#> 86 YLADKSYIEGYVPSQAD 0.167 17 33 13 3
#> 87 YLADKSYIEGYVPSQAD 1.000 17 33 13 3
#> 88 YLADKSYIEGYVPSQAD 5.000 17 33 13 3
#> 89 YLADKSYIEGYVPSQAD 25.000 17 33 13 3
#> 90 YLADKSYIEGYVPSQAD 150.000 17 33 13 3
#> 91 YLADKSYIEGYVPSQAD 1440.000 17 33 13 3
#> 92 ADKSYIEGYVPSQAD 0.000 19 33 14 1
#> 93 ADKSYIEGYVPSQAD 0.167 19 33 14 3
#> 94 ADKSYIEGYVPSQAD 1.000 19 33 14 3
#> 95 ADKSYIEGYVPSQAD 5.000 19 33 14 3
#> 96 ADKSYIEGYVPSQAD 25.000 19 33 14 3
#> 97 ADKSYIEGYVPSQAD 150.000 19 33 14 3
#> 98 ADKSYIEGYVPSQAD 1440.000 19 33 14 3
#> 99 KSYIEGYVPSQAD 0.000 21 33 15 1
#> 100 KSYIEGYVPSQAD 0.167 21 33 15 3
#> 101 KSYIEGYVPSQAD 1.000 21 33 15 3
#> 102 KSYIEGYVPSQAD 5.000 21 33 15 3
#> 103 KSYIEGYVPSQAD 25.000 21 33 15 3
#> 104 KSYIEGYVPSQAD 150.000 21 33 15 3
#> 105 KSYIEGYVPSQAD 1440.000 21 33 15 3
#> 106 SYIEG 0.000 22 26 16 1
#> 107 SYIEG 0.167 22 26 16 3
#> 108 SYIEG 1.000 22 26 16 3
#> 109 SYIEG 5.000 22 26 16 3
#> 110 SYIEG 25.000 22 26 16 3
#> 111 SYIEG 150.000 22 26 16 3
#> 112 SYIEG 1440.000 22 26 16 3
#> 113 SYIEGYVPSQAD 0.000 22 33 17 1
#> 114 SYIEGYVPSQAD 0.167 22 33 17 3
#> 115 SYIEGYVPSQAD 1.000 22 33 17 3
#> 116 SYIEGYVPSQAD 5.000 22 33 17 3
#> 117 SYIEGYVPSQAD 25.000 22 33 17 3
#> 118 SYIEGYVPSQAD 150.000 22 33 17 3
#> 119 SYIEGYVPSQAD 1440.000 22 33 17 3
#> 120 YIEGYVPSQAD 0.000 23 33 18 1
#> 121 YIEGYVPSQAD 0.167 23 33 18 3
#> 122 YIEGYVPSQAD 1.000 23 33 18 3
#> 123 YIEGYVPSQAD 5.000 23 33 18 3
#> 124 YIEGYVPSQAD 25.000 23 33 18 3
#> 125 YIEGYVPSQAD 150.000 23 33 18 3
#> 126 YIEGYVPSQAD 1440.000 23 33 18 3
#> 127 IEGYVP 0.000 24 29 19 1
#> 128 IEGYVP 0.167 24 29 19 3
#> 129 IEGYVP 1.000 24 29 19 3
#> 130 IEGYVP 5.000 24 29 19 3
#> 131 IEGYVP 25.000 24 29 19 3
#> 132 IEGYVP 150.000 24 29 19 3
#> 133 IEGYVP 1440.000 24 29 19 3
#> 134 IEGYVPSQA 0.000 24 32 20 1
#> 135 IEGYVPSQA 0.167 24 32 20 3
#> 136 IEGYVPSQA 1.000 24 32 20 3
#> 137 IEGYVPSQA 5.000 24 32 20 3
#> 138 IEGYVPSQA 25.000 24 32 20 3
#> 139 IEGYVPSQA 150.000 24 32 20 3
#> 140 IEGYVPSQA 1440.000 24 32 20 3
#> 141 IEGYVPSQAD 0.000 24 33 21 1
#> 142 IEGYVPSQAD 0.167 24 33 21 3
#> 143 IEGYVPSQAD 1.000 24 33 21 3
#> 144 IEGYVPSQAD 5.000 24 33 21 3
#> 145 IEGYVPSQAD 25.000 24 33 21 3
#> 146 IEGYVPSQAD 150.000 24 33 21 3
#> 147 IEGYVPSQAD 1440.000 24 33 21 3
#> 148 YVPSQAD 0.000 27 33 22 1
#> 149 YVPSQAD 0.167 27 33 22 3
#> 150 YVPSQAD 1.000 27 33 22 3
#> 151 YVPSQAD 5.000 27 33 22 3
#> 152 YVPSQAD 25.000 27 33 22 3
#> 153 YVPSQAD 150.000 27 33 22 3
#> 154 YVPSQAD 1440.000 27 33 22 3
#> 155 VAVFE 0.000 34 38 23 1
#> 156 VAVFE 0.167 34 38 23 3
#> 157 VAVFE 1.000 34 38 23 3
#> 158 VAVFE 5.000 34 38 23 3
#> 159 VAVFE 25.000 34 38 23 3
#> 160 VAVFE 150.000 34 38 23 3
#> 161 VAVFE 1440.000 34 38 23 3
#> 162 FEAVSSPPPAD 0.000 37 47 24 1
#> 163 FEAVSSPPPAD 0.167 37 47 24 3
#> 164 FEAVSSPPPAD 1.000 37 47 24 3
#> 165 FEAVSSPPPAD 5.000 37 47 24 3
#> 166 FEAVSSPPPAD 25.000 37 47 24 3
#> 167 FEAVSSPPPAD 150.000 37 47 24 3
#> 168 FEAVSSPPPAD 1440.000 37 47 24 3
#> 169 FEAVSSPPPADL 0.000 37 48 25 1
#> 170 FEAVSSPPPADL 0.167 37 48 25 3
#> 171 FEAVSSPPPADL 1.000 37 48 25 3
#> 172 FEAVSSPPPADL 5.000 37 48 25 3
#> 173 FEAVSSPPPADL 25.000 37 48 25 3
#> 174 FEAVSSPPPADL 150.000 37 48 25 3
#> 175 FEAVSSPPPADL 1440.000 37 48 25 3
#> 176 FEAVSSPPPADLCH 0.000 37 50 26 1
#> 177 FEAVSSPPPADLCH 0.167 37 50 26 3
#> 178 FEAVSSPPPADLCH 1.000 37 50 26 3
#> 179 FEAVSSPPPADLCH 5.000 37 50 26 3
#> 180 FEAVSSPPPADLCH 25.000 37 50 26 3
#> 181 FEAVSSPPPADLCH 150.000 37 50 26 3
#> 182 FEAVSSPPPADLCH 1440.000 37 50 26 3
#> 183 FEAVSSPPPADLCHA 0.000 37 51 27 1
#> 184 FEAVSSPPPADLCHA 0.167 37 51 27 3
#> 185 FEAVSSPPPADLCHA 1.000 37 51 27 3
#> 186 FEAVSSPPPADLCHA 5.000 37 51 27 3
#> 187 FEAVSSPPPADLCHA 25.000 37 51 27 3
#> 188 FEAVSSPPPADLCHA 150.000 37 51 27 3
#> 189 FEAVSSPPPADLCHA 1440.000 37 51 27 3
#> 190 EAVSSPPPADL 0.000 38 48 28 1
#> 191 EAVSSPPPADL 0.167 38 48 28 3
#> 192 EAVSSPPPADL 1.000 38 48 28 3
#> 193 EAVSSPPPADL 5.000 38 48 28 3
#> 194 EAVSSPPPADL 25.000 38 48 28 3
#> 195 EAVSSPPPADL 150.000 38 48 28 3
#> 196 EAVSSPPPADL 1440.000 38 48 28 3
#> 197 EAVSSPPPADLCH 0.000 38 50 29 1
#> 198 EAVSSPPPADLCH 0.167 38 50 29 3
#> 199 EAVSSPPPADLCH 1.000 38 50 29 3
#> 200 EAVSSPPPADLCH 5.000 38 50 29 3
#> 201 EAVSSPPPADLCH 25.000 38 50 29 3
#> 202 EAVSSPPPADLCH 150.000 38 50 29 3
#> 203 EAVSSPPPADLCH 1440.000 38 50 29 3
#> 204 EAVSSPPPADLCHA 0.000 38 51 30 1
#> 205 EAVSSPPPADLCHA 0.167 38 51 30 3
#> 206 EAVSSPPPADLCHA 1.000 38 51 30 3
#> 207 EAVSSPPPADLCHA 5.000 38 51 30 3
#> 208 EAVSSPPPADLCHA 25.000 38 51 30 3
#> 209 EAVSSPPPADLCHA 150.000 38 51 30 3
#> 210 EAVSSPPPADLCHA 1440.000 38 51 30 3
#> 211 AVSSPPPADL 0.000 39 48 31 1
#> 212 AVSSPPPADL 0.167 39 48 31 3
#> 213 AVSSPPPADL 1.000 39 48 31 3
#> 214 AVSSPPPADL 5.000 39 48 31 3
#> 215 AVSSPPPADL 25.000 39 48 31 3
#> 216 AVSSPPPADL 150.000 39 48 31 3
#> 217 AVSSPPPADL 1440.000 39 48 31 3
#> 218 VSSPPPADL 0.000 40 48 32 1
#> 219 VSSPPPADL 0.167 40 48 32 3
#> 220 VSSPPPADL 1.000 40 48 32 3
#> 221 VSSPPPADL 5.000 40 48 32 3
#> 222 VSSPPPADL 25.000 40 48 32 3
#> 223 VSSPPPADL 150.000 40 48 32 3
#> 224 VSSPPPADL 1440.000 40 48 32 3
#> 225 VSSPPPADLCH 0.000 40 50 33 1
#> 226 VSSPPPADLCH 0.167 40 50 33 3
#> 227 VSSPPPADLCH 1.000 40 50 33 3
#> 228 VSSPPPADLCH 5.000 40 50 33 3
#> 229 VSSPPPADLCH 25.000 40 50 33 3
#> 230 VSSPPPADLCH 150.000 40 50 33 3
#> 231 VSSPPPADLCH 1440.000 40 50 33 3
#> 232 ALRWYNH 0.000 51 57 34 1
#> 233 ALRWYNH 0.167 51 57 34 3
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#> 236 ALRWYNH 25.000 51 57 34 3
#> 237 ALRWYNH 150.000 51 57 34 3
#> 238 ALRWYNH 1440.000 51 57 34 3
#> 239 LRWYNH 0.000 52 57 35 1
#> 240 LRWYNH 0.167 52 57 35 3
#> 241 LRWYNH 1.000 52 57 35 3
#> 242 LRWYNH 5.000 52 57 35 3
#> 243 LRWYNH 25.000 52 57 35 3
#> 244 LRWYNH 150.000 52 57 35 3
#> 245 LRWYNH 1440.000 52 57 35 3
#> 246 IKSYEKEKASLPGVKK 0.000 58 73 36 1
#> 247 IKSYEKEKASLPGVKK 0.167 58 73 36 3
#> 248 IKSYEKEKASLPGVKK 1.000 58 73 36 3
#> 249 IKSYEKEKASLPGVKK 5.000 58 73 36 3
#> 250 IKSYEKEKASLPGVKK 25.000 58 73 36 3
#> 251 IKSYEKEKASLPGVKK 150.000 58 73 36 3
#> 252 IKSYEKEKASLPGVKK 1440.000 58 73 36 3
#> 253 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 0.000 58 78 37 1
#> 254 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 0.167 58 78 37 3
#> 255 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 1.000 58 78 37 3
#> 256 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 5.000 58 78 37 3
#> 257 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 25.000 58 78 37 3
#> 258 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 150.000 58 78 37 3
#> 259 IKSYEKEKASLPGVKKALGKY 1440.000 58 78 37 3
#> 260 EKASLPGVKKALGKY 0.000 64 78 38 1
#> 261 EKASLPGVKKALGKY 0.167 64 78 38 3
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